CLI Reference

Command

./aligner --query <file> --target <file> --choice <1|2|3|4>

Options

• --query: input FASTA
• --target: input FASTA

• --choice:

  • 1: global
  • 2: local
  • 3: LCS
  • 4: all
  • --mode: dna | protein
  • --outdir: output directory
  • --verbose: debug output