Here is a list of all functions, variables, defines, enums, and typedefs with links to the files they belong to:

- b -

• binary : main.cpp
• blosum62_score() : main.cpp

- c -

• compute_local_affine_cell() : main.cpp
• computeAffineDPRow() : main.cpp
• CYAN : main.cpp

- e -

• edna_score() : main.cpp

- g -

• GAP_EXTEND : main.cpp
• GAP_OPEN : main.cpp
• getAccession() : main.cpp
• getGeneSymbol() : main.cpp
• globalalign() : main.cpp
• GREEN : main.cpp

- i -

• initAffineDP() : main.cpp

- l -

• lcs() : main.cpp
• localalign() : main.cpp

- m -

• main() : main.cpp
• MODE_DNA : main.cpp
• MODE_PROTEIN : main.cpp

- p -

• printColoredAlignment() : main.cpp
• processFasta() : main.cpp

- r -

• RED : main.cpp
• RESET : main.cpp

- s -

• saveLCS() : main.cpp
• savePlainAlignment() : main.cpp
• score() : main.cpp
• ScoreFn : main.cpp
• ScoreMode : main.cpp
• showProgressBar() : main.cpp

- t -

• txt : main.cpp

- v -

• verbose : main.cpp

- w -

• writeCharMatrix() : main.cpp
• writeDPMatrix() : main.cpp
• writeRawCharMatrix() : main.cpp
• writeRawDPMatrix() : main.cpp