Here is a list of all functions, variables, defines, enums, and typedefs with links to the files they belong to:

- a -

• align_segment_globally() : main_fmindex.cpp

- b -

• binary : main.cpp, main_fmindex.cpp
• blosum62_score() : main.cpp, main_fmindex.cpp

- c -

• compute_lcs_for_segment() : main_fmindex.cpp
• compute_local_affine_cell() : main.cpp
• computeAffineDPRow() : main.cpp, main_fmindex.cpp
• CYAN : main.cpp, main_fmindex.cpp

- e -

• EBLOSUM62_matrix : EBLOSUM62.h, main_fmindex.cpp
• EBLOSUM62_MATRIX_DEFINED : main_fmindex.cpp
• EBLOSUM62_SIZE : main_fmindex.cpp
• edna_score() : main.cpp, main_fmindex.cpp
• EDNAFULL_matrix : EDNAFULL.h, main_fmindex.cpp
• EDNAFULL_MATRIX_DEFINED : main_fmindex.cpp
• EDNAFULL_SIZE : main_fmindex.cpp

- f -

• find_best_seed_chain() : main_fmindex.cpp

- g -

• GAP_EXTEND : main.cpp, main_fmindex.cpp
• GAP_OPEN : main.cpp, main_fmindex.cpp
• generate_raw_seeds() : main_fmindex.cpp
• getAccession() : main.cpp, main_fmindex.cpp
• getGeneSymbol() : main.cpp, main_fmindex.cpp
• globalalign() : main.cpp, main_fmindex.cpp
• GREEN : main.cpp, main_fmindex.cpp

- i -

• initAffineDP() : main.cpp, main_fmindex.cpp

- l -

• lcs() : main.cpp, main_fmindex.cpp
• localalign() : main.cpp, main_fmindex.cpp

- m -

• main() : fmindex.cpp, main.cpp, main_fmindex.cpp
• MODE_DNA : main.cpp, main_fmindex.cpp
• MODE_PROTEIN : main.cpp, main_fmindex.cpp

- p -

• perform_sw_in_window() : main_fmindex.cpp
• printColoredAlignment() : main.cpp, main_fmindex.cpp
• processFasta() : main.cpp, main_fmindex.cpp

- r -

• rank_val : main_fmindex.cpp
• read_fasta_sequence() : fmindex.cpp
• RED : main.cpp, main_fmindex.cpp
• RESET : main.cpp, main_fmindex.cpp

- s -

• saveLCS() : main.cpp, main_fmindex.cpp
• savePlainAlignment() : main.cpp, main_fmindex.cpp
• score() : main.cpp, main_fmindex.cpp
• ScoreFn : main.cpp, main_fmindex.cpp
• ScoreMode : main.cpp, main_fmindex.cpp
• showProgressBar() : main.cpp, main_fmindex.cpp
• suffix_array() : fmindex.cpp
• suffix_array_construction() : main_fmindex.cpp

- t -

• txt : main.cpp, main_fmindex.cpp

- v -

• verbose : main.cpp, main_fmindex.cpp

- w -

• writeCharMatrix() : main.cpp, main_fmindex.cpp
• writeDPMatrix() : main.cpp, main_fmindex.cpp
• writeRawCharMatrix() : main.cpp, main_fmindex.cpp
• writeRawDPMatrix() : main.cpp, main_fmindex.cpp