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Variables
double	EDNAFULL_matrix [15][15]

Variable Documentation

EDNAFULL_matrix

double EDNAFULL_matrix[15][15]

Initial value:

= {
    {5, -4, -4, -4, -4, 1, 1, -4, -4, 1, -4, -1, -1, -1, -2},
    {-4, 5, -4, -4, -4, 1, -4, 1, 1, -4, -1, -4, -1, -1, -2},
    {-4, -4, 5, -4, 1, -4, 1, -4, 1, -4, -1, -1, -4, -1, -2},
    {-4, -4, -4, 5, 1, -4, -4, 1, -4, 1, -1, -1, -1, -4, -2},
    {-4, -4, 1, 1, -1, -4, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -3, -3, -1},
    {1, 1, -4, -4, -4, -1, -2, -2, -2, -2, -3, -3, -1, -1, -1},
    {1, -4, 1, -4, -2, -2, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -1, -1},
    {-4, 1, -4, 1, -2, -2, -4, -1, -2, -2, -1, -3, -1, -3, -1},
    {-4, 1, 1, -4, -2, -2, -2, -2, -1, -4, -1, -3, -3, -1, -1},
    {1, -4, -4, 1, -2, -2, -2, -2, -4, -1, -3, -1, -1, -3, -1},
    {-4, -1, -1, -1, -1, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -2, -2, -1},
    {-1, -4, -1, -1, -1, -3, -1, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -2, -1},
    {-1, -1, -4, -1, -3, -1, -3, -1, -3, -1, -2, -2, -1, -2, -1},
    {-1, -1, -1, -4, -3, -1, -1, -3, -1, -3, -2, -2, -2, -1, -1},
    {-2, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1}}

This matrix was created by Todd Lowe 12/10/92

Uses ambiguous nucleotide codes, probabilities rounded to nearest integer

Lowest score = -4, Highest score = 5

A   T   G   C   S   W   R   Y   K   M   B   V   H   D   N

A 5 -4 -4 -4 -4 1 1 -4 -4 1 -4 -1 -1 -1 -2 T -4 5 -4 -4 -4 1 -4 1 1 -4 -1 -4 -1 -1 -2 G -4 -4 5 -4 1 -4 1 -4 1 -4 -1 -1 -4 -1 -2 C -4 -4 -4 5 1 -4 -4 1 -4 1 -1 -1 -1 -4 -2 S -4 -4 1 1 -1 -4 -2 -2 -2 -2 -1 -1 -3 -3 -1 W 1 1 -4 -4 -4 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -1 -1 -1 R 1 -4 1 -4 -2 -2 -1 -4 -2 -2 -3 -1 -3 -1 -1 Y -4 1 -4 1 -2 -2 -4 -1 -2 -2 -1 -3 -1 -3 -1 K -4 1 1 -4 -2 -2 -2 -2 -1 -4 -1 -3 -3 -1 -1 M 1 -4 -4 1 -2 -2 -2 -2 -4 -1 -3 -1 -1 -3 -1 B -4 -1 -1 -1 -1 -3 -3 -1 -1 -3 -1 -2 -2 -2 -1 V -1 -4 -1 -1 -1 -3 -1 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -2 -1 H -1 -1 -4 -1 -3 -1 -3 -1 -3 -1 -2 -2 -1 -2 -1 D -1 -1 -1 -4 -3 -1 -1 -3 -1 -3 -2 -2 -2 -1 -1 N -2 -2 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1

Availability: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices/NUC.4.4